Εσωτερική Διαμόρφωση

Η είσοδος του σπηλαίου ονομάζεται "Προθάλαμος" και αποτελείται από τρία επίπεδα. Το πρώτο και υψηλότερο, η "Καλυμμένη πλατεία", είναι στρωμένο με μπετόν και γύρω γύρω έχουν τοποθετηθεί παγκάκια. Το δεύτερο, ο "Κρυφός θάλαμος", χωρίζεται από το πρώτο με έναν πελώριο σταλαγμίτη, τον αρχαιότερο της Ευρώπης, με το όνομα  "Πελώρια Κεντρική Κολώνα" και σταλαγμίτες δεξιά και αριστερά του, που μοιάζουν με αγάλματα.  Στην "Κολώνα" έδεναν παλιά τα σχοινιά, για να κατέβουν στο κυρίως σπήλαιο. Το τρίτο επίπεδο του "Προθάλαμου" προεκτείνεται με ένα είδος διαδρόμου, στο τέλος του οποίου κιγκλιδωτή πόρτα οδηγεί στο κατεξοχήν εσωτερικό του σπηλαίου. Σε αυτό το επίπεδο, και σε ύψος τρία μέτρα περίπου από το δάπεδο, υπάρχει μικρό άνοιγμα που φανερώνει έναν θάλαμο με διαστάσεις 20x10 μέτρα, γνωστό ως "Κρύπτη". Αρχαιολογικές έρευνες στο χώρο αυτό κατά το 1974 - 75 αποκάλυψαν όστρακα και ανθρώπινα οστά που σήμερα βρίσκονται στο Μουσείο της Πάρου. Περνώντας την κιγκλιδωτή πόρτα βρίσκεσαι στην καρδιά του σπηλαίου, το οποίο και χωρίζεται σε τρεις "αίθουσες".

Η πρώτη αίθουσα ή "Θάλαμος των πέτρινων καταρρακτών" έχει διαστάσεις 17x27x10 μέτρα και πλούσιο σταλακτιτικό και σταλαγμιτικό διάκοσμο. Την ονομασία του την πήρε από το μεγαλοπρεπή και θαυμαστό στολισμό προς το δεξιό τοίχο του, όπου υπάρχουν πανέμορφες κολώνες και σταλακτίτες σαν καταρράκτες.

Η δεύτερη αίθουσα ή "Θάλαμος του καθεδρικού ναού" βρίσκεται 25 μέτρα χαμηλότερα από την πρώτη. Οι διαστάσεις της είναι 33x20x30 μέτρα. Εδώ έγινε η λειτουργία των Χριστουγέννων, το 1673, από τον Μαρκήσιο ντε Ντουανέλ και τη συνοδεία του. Δεξιά υπάρχουν ολόλευκα σταλαγμιτικά συγκροτήματα και από πάνω τους κρεμαστοί "πολυέλαιοι". Πιο πέρα βρίσκεται ο σχηματισμός που εύστοχα ονομάστηκε "Μαύρος καταρράκτης" και απέναντί του σειρά από σταλαγμίτες, από τους οποίους ο χαμηλότερος είναι η περίφημη "Αγία Τράπεζα". Στη μια άκρη της αίθουσας αυτής και ένα μέτρο πιο χαμηλά υπάρχει μικρότερη αίθουσα με ωραιότατο σταλαγμίτη, την "Ομπρέλα". Η αίθουσα ονομάζεται "Αίθουσα του Βαράθρου" επειδή υπάρχει τρύπα διαμέτρου δύο μέτρων και βάθους περίπου 7 - 8 μέτρων.

Η τρίτη αίθουσα, που βρίσκεται στο χαμηλότερο επίπεδο, αποκαλείται "Βασιλική", εξαιτίας της επίσκεψης του βασιλιά Όθωνα και της βασίλισσας Αμαλίας και της επιγραφής που χάραξαν εκεί. Οι διαστάσεις της είναι 27x50x20 μέτρα. Δεν έχει ιδιαίτερα εντυπωσιακό στολισμό, αλλά είναι επιβλητική.

• Το σπήλαιο χωρίζεται στον "Προθάλαμο" και τρεις επιπλέον αίθουσες, το "Θάλαμο των πέτρινων καταρρακτών", το "Θάλαμο του καθεδρικού ναού" και τη "Βασιλική αίθουσα".

• Ο πελώριος σταλαγμίτης που βρίσκεται στην είσοδο είναι σαράντα πέντε εκατομμυρίων χρόνων, ο αρχαιότερος της Ευρώπης, και ονομάζεται "Πελώρια Κεντρική Κολώνα".

• Η "Βασιλική αίθουσα" βαπτίστηκε έτσι, λόγω της επίσκεψης του βασιλιά Όθωνα και της βασίλισσας Αμαλίας. Δεν έχει εντυπωσιακό στολισμό, αλλά είναι επιβλητική.

• Τα δύο γραφικά εκκλησάκια που συναντά ο επισκέπτης στην είσοδο είναι ο Άη Γιάννης ο Σπηλιώτης και η Ζωοδόχος Πηγή.